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pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB KRAB - 介导基因沉默(CRISPRi 机制)产品信息
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Addgene #46911) KRAB 介导基因沉默(CRISPRi 机制) pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB
pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB
480 现货
产品参数

pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB  


pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB(Addgene #46911)完整质粒解析


image

质粒环形图谱

一、基础核心信息

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项目参数详情
Addgene 编号#46911
载体骨架pHR 慢病毒穿梭载体(可包装慢病毒稳转细胞)
总长度14167 bp
原核抗性Ampicillin 氨苄青霉素(100 μg/mL)
推荐扩增菌株Stbl3(长片段重复序列稳定菌株)
拷贝数高拷贝
原始文献Gilbert et al., Cell, 2013(CRISPRi 经典奠基论文)
核心用途CRISPRi 转录抑制(靶向可逆沉默基因,无 DNA 双链断裂)
适用场景体外细胞稳转、体内慢病毒递送、高通量基因敲低筛选

二、命名逐段元件拆解

  1. pHR:二代慢病毒穿梭载体骨架,含 LTR、ψ 包装信号,可与 pCMV-dR8.91、VSV-G 共转 293 包装慢病毒,实现哺乳动物细胞稳定整合表达

  2. SFFV:脾病灶形成病毒启动子,广谱强组成型启动子,免疫细胞、肿瘤细胞、原代细胞表达效率极高,不受细胞类型限制

  3. dCas9:失活型 Cas9(D10A+H840A 双突变),完全丧失 DNA 切割酶活,仅作为 sgRNA 引导的 DNA 结合支架;两端携带2×NLS 核定位信号,确保蛋白入核

  4. BFP(TagBFP):蓝色荧光报告标签,流式 / 荧光显微镜可分选成功表达 dCas9 的阳性细胞群

  5. KRAB:Krüppel 相关盒强转录抑制结构域,CRISPRi 核心效应元件

三、KRAB 介导基因沉默工作原理(CRISPRi 机制)

  1. 与单独 dCas9 仅靠空间位阻阻断 RNA 聚合酶不同,dCas9-KRAB 抑制效率提升 10~100 倍

  2. sgRNA 引导 dCas9-KRAB 靶向基因启动子 / 转录起始位点附近;KRAB 招募 KAP1、SETDB1、HP1α 复合物

  3. 催化组蛋白 H3K9 三甲基化,形成异染色质,长效、可逆抑制靶基因转录,无基因组 DNA 损伤

  4. 可同时沉默编码基因、lncRNA,敲低效果温和可控,无敲除带来的细胞致死风险

四、完整融合蛋白结构(N→C 端)

dCas9 — 2×NLS — TagBFP — KRAB — HA 标签

  • HA 标签:用于免疫荧光 / WB 检测蛋白表达量

  • BFP 荧光:阳性细胞分选、共染标记区分 sgRNA 载体(常用绿色 / 红色荧光 sgRNA 骨架)

五、配套实验体系(慢病毒三质粒包装)

  1. 本载体:pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB(表达抑制蛋白)

  2. 包装质粒:pCMV-dR8.91(Gag/Pol)

  3. 包膜质粒:pMD2.G(VSV-G,广谱细胞侵染)

  4. 搭配 sgRNA 骨架:pHR-U6-sgRNA-Puro /pLV-U6-sgRNA-mCherry(U6 启动子转录向导 RNA)

六、同系列对照质粒区分

表格



Addgene 号质粒名称差异用途
#46911pHR-SFFV-dCas9-BFP-KRAB带 KRAB 抑制域CRISPRi 基因沉默(主力工具)
#46910pHR-SFFV-dCas9-BFP无 KRAB,仅 dCas9-BFP空白对照,仅占位无抑制

七、实验应用场景

  1. 基因功能筛选:全基因组 sgRNA 文库联合该载体,高通量筛选促癌 / 抑癌、耐药相关基因

  2. 可逆敲低模型:相比 siRNA 瞬时干扰,慢病毒稳转实现长期稳定抑制,可做细胞传代、动物体内实验

  3. 非编码 RNA 研究:lncRNA、增强子区域靶向沉默,不破坏基因组 DNA

  4. 共定位多色成像:BFP 蓝色荧光,可搭配 EGFP/mCherry 标记的 sgRNA 载体做多通道荧光区分阳性细胞

  5. 原代细胞研究:SFFV 启动子在原代神经元、免疫细胞、肝细胞均稳定高表达

八、关键使用注意事项

  1. 靶向位点优先选基因 TSS(转录起始位点)上游 - 50~+300 bp区间,沉默效率最高;靶向编码区抑制效果大幅下降

  2. 扩增必须使用 Stbl3 感受态,普通 DH5α 易发生 dCas9 长片段重组缺失

  3. 该载体是慢病毒系统,和你之前收集的 AAV 质粒骨架不通用;若需体内 AAV 递送 CRISPRi,需将 dCas9-KRAB 元件亚克隆至 pAAV-hSyn/TBG 等穿梭骨架

  4. 荧光分选:BFP 激发 399 nm、发射 456 nm,与 GFP、mCherry 荧光通道完全分开,无串色干扰


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质粒图谱