腺病毒包装中的难点主要在于怎么将外源基因表达框或者外源shRNA表达框构建至腺病毒骨架载体上。由于腺病毒骨架载体比较大（>30kb），而且载体中的一些常用酶切位点几乎都有多个，如果用常规的酶切-连接的方式将外源基因或者shRNA表达框构建至腺病毒骨架载体上，成功率很低，因此，目前的腺病毒表达系统基本上都是用同源重组的方法将外源基因或shRNA表达框构建至腺病毒骨架载体上。