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启动子序列查找
启动子序列查找—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析-腾讯云开发者社区-腾讯云
EPD The Eukaryotic Promoter Database，启动子数据库
NCBI保姆级使用教程（包含如何查找CDS、启动子、5‘UTR和3‘UTR、lncRNA序列）
(EukaryoticPromoterDatabase)
• 简介:EPD是一个真核生物启动子数据库，包含多种哺乳动物的启动子序列信息。用户可以通过该数据库查找特定基因的启动子序列。
• 简介:JASPAR是一个开放的转录因子结合位点数据库，提供哺乳动物等多种生物的启动子序列和转录因子结合位点的预测工具。
3.Promoter2.0PredictionServer
• 简介:该工具基于神经网络算法，用于预测哺乳动物基因的启动子区域。
4.NNPP
(NeuralNetworkPromoterPrediction)
• 简介:NNPP是一个基于神经网络的启动子预测工具，适用于多种生物，包括哺乳动物。
5.TRANSFAC
• 简介:TRANSFAC是一个转录因子和结合位点的数据库，提供启动子预测和分析工具，适用于哺乳动物等真核生物。
6.UCSCGenomeBrowser
• 简介:UCSCGenomeBrowser提供基因组浏览和注释功能，可以通过该平台查找和分析哺乳动物基因的启动子区域。
7.FANTOM5
• 简介:FANTOM5项目提供了大量哺乳动物启动子和增强子的实验数据，用户可以通过其数据库查找启动子序列。
8.CAGE(CapAnalysisofGeneExpression)
• 简介:CAGE技术用于鉴定转录起始位点（TSS），FANTOM项目提供了基于CAGE数据的启动子信息。
9.EukaryoticPromoterDatabase(EPDnew)
• 简介:EPDnew是EPD的更新版本，提供更全面的真核生物启动子数据，包括哺乳动物。
10.PromoterScan
• 简介:PromoterScan是一个基于序列特征的启动子预测工具，适用于哺乳动物基因。
11.DeepPromoter
• 简介:DeepPromoter是一个基于深度学习的启动子预测工具，适用于哺乳动物基因组。
12.BDGP
(BerkeleyDrosophilaGenomeProject)
• 简介:虽然主要针对果蝇，但BDGP的工具和方法也可用于哺乳动物启动子预测。
13.PromoterInspector
• 简介:PromoterInspector是Genomatix提供的一个启动子预测工具，适用于哺乳动物基因组。
14.TSSfinder
• 简介:TSSfinder是一个用于预测转录起始位点（TSS）和启动子区域的工具，适用于哺乳动物。
15.RegulonDB
• 简介:虽然主要针对原核生物，但RegulonDB也提供了一些真核生物（包括哺乳动物）的启动子信息。
16.ENCODE(EncyclopediaofDNAElements)
• 简介:ENCODE项目提供了大量哺乳动物基因组的注释数据，包括启动子区域。
17.FANTOM6
• 简介:FANTOM6是FANTOM项目的最新版本，提供了更全面的哺乳动物启动子和增强子数据。
18.EukaryoticPromoterDatabase(EPD)
• 简介:EPD是一个真核生物启动子数据库，包含多种哺乳动物的启动子序列信息。
19.Promoter2.0PredictionServer
• 简介:该工具基于神经网络算法，用于预测哺乳动物基因的启动子区域。
20.NNPP(NeuralNetworkPromoterPrediction)
• 简介:NNPP是一个基于神经网络的启动子预测工具，适用于多种生物，包括哺乳动物。
21.TRANSFAC
• 简介:TRANSFAC是一个转录因子和结合位点的数据库，提供启动子预测和分析工具，适用于哺乳动物等真核生物。
22.UCSCGenomeBrowser
• 简介:UCSCGenomeBrowser提供基因组浏览和注释功能，用户可以通过该平台查找和分析哺乳动物基因的启动子区域。
23.FANTOM5
• 简介:FANTOM5项目提供了大量哺乳动物启动子和增强子的实验数据，用户可以通过其数据库查找启动子序列。
24.CAGE(CapAnalysisofGeneExpression)
• 简介:CAGE技术用于鉴定转录起始位点（TSS），FANTOM项目提供了基于CAGE数据的启动子信息。
25.EukaryoticPromoterDatabase(EPDnew)
• 简介:EPDnew是EPD的更新版本，提供更全面的真核生物启动子数据，包括哺乳动物。
26.PromoterScan
• 简介:PromoterScan是一个基于序列特征的启动子预测工具，适用于哺乳动物基因。
27.DeepPromoter
• 简介:DeepPromoter是一个基于深度学习的启动子预测工具，适用于哺乳动物基因组。
